在建立藥效基團模型之前，必須先收集一群具有活性資料的的抑制劑，並分為訓練組 (用來建立模型) 與測試組 (用來驗證模型可信度)，其中訓練組最少要有 16 個化合物且活性範圍要超過 4 個 order。當訓練組挑選完成後，利用 Catalyst 軟體進行構形的產生，然後將所產生的眾多結構堆疊在一起，找出其結構上的相同點，並以不同顏色的圓球來表示。而這些圓球的集合就組成藥效基團 (pharmacophore)。Catalyst 在藥效基團 (pharmacophore) 的模型亦稱為假說 (hypotheses)，預設情況可產生 10 個假說。然而這 10 個假說不見得都是具有意義的。因此最後還需要進行假說的驗證，除了可以從測試組來評估假說是否可信之外，還可以觀察 correlation 數值是否大於 0.9、configuration 數值是否小於 17、Cost 分析與 catScramble 程式來驗證。